Türk ve Japon Hükümetleri ve özel kuruluşlarca desteklenen, toplam 10 bin m2'lik inşaat alanındaki Kültür Merkezi; takriben 10 milyon Dolara mal olmuştur.
Kurucu Başkan Sadıklar'ın yönetiminde, Erkal Mimarlık'ın hazırladığı proje; Kiska firmasınca uyguladı, Prof. Dr. Bozkut Güvenç'in gözetiminde ve Mimar Yaşar Ergin'in kontrolünde tamamlandı.
Kültür Merkezi, A, B ve C blokları ile bir Çay evi ve Japon Bahçesi'nden oluşuyor. Vakıf yönetimi ve dernek büroları ile yardımcı tesisler, Japon etütleri A ve B blokta, Kültür Merkezinin işletme giderlerini karşılamak üzere tasarlanan Tesisleri ise C blokta toplanmıştır. Açık bir avlu ve Japon "Kum Bahçesi"ni çevreleyen A ve B blokun birinci katında Ana giriş holüne ve avluya açılan 450 kişilik, çok maksatlı bir toplantı salonu ile fuayeler, 80 kişilik bir akademik seminer salonu ve sanat galerisi yer almaktadır. 

 A ve B blokun ikinci katı vakıf yönetimine, vakfın kurucuları arasında yer alan Türk Japon derneklerinin lokalleriyle, derslik, laboratuar ve benzeri faaliyetlere ayrılmış; Japon kültürü araştırmalarının yapılacağı Japon Etütleri Merkezi ise kitaplık, seminer ve uygulama mekanlarıyla üst(3.) kata yerleştirilmiştir. Ayrıca 3.katta Toyama (Uzak Dağ kütüphanesi bulunmaktadır. A ve B blokun altında kapalı bir otopark ile "Oranium Spor Merkezi" yer almaktadır.